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La corona imperiale (Fritillaria imperialis) è stata adottata quale emblema dell'Orto Botanico perché la sua figura ricorre con una certa frequenza nella storia di questa istituzione. La pianta è raffigurata nelle raccolte di disegni inserite nella biblioteca dell'Orto nei secoli XVI e XVII; è rappresentata in bassorilievo sul tardo-cinquecentesco portone di ingresso (vedi figura a destra); è inserita nella decorazione a grottesche dei pilastri del cancello lungo via Roma, presumibilmente della metà del XVIII secolo.
L'immagine scelta come logo proviene da un corpo iconografico commissionato da Giuseppe Casabona, direttore dell'Orto dal 1591 al 1595, al pittore tedesco Daniel Froeschl.
La corona imperiale è distribuita in natura nei paesi del bacino mediterraneo orientale. Casabona l'aveva vista e raccolta durante una spedizione botanica all'isola di Creta, condotta poco prima di assumere la direzione dell'Orto botanico. La presenza di questa pianta nelle collezioni dell'Orto e la frequente raffigurazione riflettono l'interesse suscitato dalle flore orientali nell' ambiente scientifico del XVI e XVII secolo.